南通排名第一的大學是南通大學，排名第二的是南通工程學院，排名第三的是南通大學杏林學院，以下為具體名單，以供參考。

1、南通大學

南通大學，簡稱“通達”，位于江蘇省南通市，學校是江蘇省人民政府與交通運輸部共建的綜合性大學，江蘇高水平大學建設高峰計劃建設B類大學，國家“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”、“卓越教師培養(yǎng)計劃”試點高校，教育部本科教學工作水平評估優(yōu)秀學校，全國首批碩士、學士學位授予單位之一，博士學位授予單位，全國普通高等學校畢業(yè)生就業(yè)工作先進集體，全國高校創(chuàng)業(yè)教育研究與實踐先進單位，國家大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃實施高校，江蘇省首批創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)示范大學之一，江蘇省首批教學工作先進高校，全國精神文明建設先進單位，國家精神文明建設典型“莫問歲”精神的發(fā)祥地。

學校成立于1912年，創(chuàng)辦私立南通醫(yī)學院、私立南通紡織學院。2004年5月經(jīng)教育部批準，原南通醫(yī)學院、南通工程學院、南通師范大學、三所省屬公辦本科院校合并組建新南通大學。

2、南通工程學院

南通工程學院，簡稱“同里公”，位于江蘇省南通市，是經(jīng)教育部批準設立的全日制普通本科大學。

學校前身為紫狼職業(yè)技術學院，成立于2000年；2014年5月，升格為南通工學院本科院校。

3、南通大學杏林學院

南通大學杏林學院是教育部批準設立的獨立學院，坐落于素有“江海門戶”之稱的美麗沿海開放城市、著名教育之鄉(xiāng)——江蘇省南通市，以南通大學啟東校區(qū)為校址。

學院立足經(jīng)濟社會發(fā)展需要培養(yǎng)各類應用型人才，有48個專業(yè)，涵蓋經(jīng)濟學、文學、新儒家、工程、藥品、管理學、藝術學等七大學科門類。

4、江蘇工程職業(yè)技術學院

江蘇工程技術學院，長電科技），位于江蘇省南通市，學校是江蘇省人民政府舉辦的普通高等學校，是國家示范性高等職業(yè)院校、江蘇省高水平職業(yè)院校建設單位，入選中國特色高水平職業(yè)學校及專業(yè)建設規(guī)劃。

學校的前身可以追溯到1912年創(chuàng)辦的南通紡織染整專科學校，1913年更名為南通紡織專科學校，1928年并入南通大學，設立紡織系，后稱南通大學紡織系；1952年國家院系調整時，紡織系遷往上海；1957年，原址恢復南通紡織企業(yè)紡織學院，1979年更名為江蘇省南通紡織工業(yè)學校，1999年升格為南通紡織職業(yè)技術學院，2014年6月經(jīng)江蘇省人民政府批準，報教育部備案，更名為江蘇工程職業(yè)技術學院。

5、江蘇船舶職業(yè)技術學院

江蘇船舶職業(yè)技術學院（江蘇船舶高等?？茖W校），位于江蘇省南通市，是經(jīng)江蘇省人民政府批準設立的全日制普通高等學校，學校被教育部高職院校人才培養(yǎng)工作水平評估評為優(yōu)秀院校，是江蘇省首批示范性高職院校建設單位之一、首批國家交通職業(yè)教育示范院校之一、國家骨干高職院校建設單位。

學院成立于1960年，前身為江蘇省南通荷韻學校，1989年更名為江蘇南通船舶學校，2000年升格為高等職業(yè)技術學院。

6、南通職業(yè)大學

南通職業(yè)大學始建于1973年，位于河與海的交匯處、江蘇省南通市，一座人文薈萃的城市，這是一所省政府學校、教育部認可的設備、藝術、綜合性全日制普通管理、藝術學院，是全國歷史最悠久的高職院校之一、國家緊缺技能人才培養(yǎng)試點高校、首批國家現(xiàn)代學徒制試點單位之一。

2019年12月，由教育部、財政部列入第四類高水平專業(yè)群體建設單位（C級）。

7、南通師范學院

南通師范學院位于江蘇省南通市，是一所全日制省屬公辦普通高等師范院校。

學校前身是創(chuàng)建于1902年的通州民事師范學校（即通州師范學校），是中國師范教育三大源泉之一，也是中國第一所獨立師范學校；1953年轉為公立，更名為江蘇省南通師范學校；1958年與1905年創(chuàng)辦的南通女子師范學校合并；2005年4月，與始建于1906年的海門師范學校合并，成立南通高等師范學校；2014年1月，經(jīng)江蘇省政府批準升格為南通師范學院，同年9月，與1902年創(chuàng)辦的如皋師范學校合并，建立新的南通師范學院。

8、江蘇商業(yè)職業(yè)學院

江蘇商業(yè)職業(yè)學院，成立于1956年9月，原名“江蘇省南通商業(yè)職工學?！?，1965年，更名為“南通商業(yè)學?！薄?978年更名為“江蘇省南通供銷學?！保K省供銷社監(jiān)管。

2003年升格為“江蘇省南通商業(yè)職業(yè)學院”，同年，增設學校品牌“江蘇聯(lián)合職業(yè)技術學院南通商業(yè)分院”。2013年1月晉升為“江蘇商業(yè)職業(yè)學院”，隸屬江蘇省供銷社。

9、南通科技職業(yè)學院

南通科技學院是南通市人民政府舉辦的普通高等學校，是經(jīng)江蘇省人民政府批準設立的全日制公辦?？茖哟胃叩冉逃龣C構。

南通科技職業(yè)學院始建于1945年，體驗國立高等農(nóng)業(yè)職業(yè)學校、南通農(nóng)學院、江蘇省南通農(nóng)業(yè)學校等時期；2003年7月，經(jīng)江蘇省人民政府批準，學校升格為南通農(nóng)業(yè)職業(yè)技術學院；2014年10月，更名為南通科技職業(yè)學院。