河套學院設有蒙古語言文學系、漢語言文學系、外國語言文學系、數學與計算機科學系、機電工程、土木工程系、農業(yè)科學系、醫(yī)學系、經濟管理系、藝術系及其他系，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

一、學院

蒙古語言文學系

漢語言文學系

外國語言文學系

數學與計算機科學系

機電工程

土木工程系

農業(yè)科學系

醫(yī)學系

經濟管理系

藝術系

馬克思主義學院

體育系

生態(tài)與資源工程系

教育部門

繼續(xù)教育

二、河套學院簡介

河套學院是經教育部批準設立的全日制普通本科院校，實行內蒙古自治區(qū)與巴彥淖爾市兩級管理體制，聚焦自治區(qū)管理，被內蒙古自治區(qū)人民政府批準為整體轉型試點機構。

學校前身是1985年成立的河套學院；2000年4月，經自治區(qū)人民政府批準，決定巴蒙教育學院、巴盟師范學校并入河套學院；2012 年 3 月 29 日，經教育部批準升格為本科層次河套學院。