惠州工程職業(yè)學院設有電子工程系、信息工程、生物工程系、財政商務系、工業(yè)設計系、交通工程系、自動控制工程系、環(huán)境工程系、土木工程系、畜牧獸醫(yī)系等系，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

1、教學機構

電子工程

信息工程

生物工程系

財政商務系

工業(yè)設計系

交通工程系

自動控制工程系

環(huán)境工程系

土木工程系

化學工程

畜牧獸醫(yī)系

人文教育系

馬克思主義教學部

中等職業(yè)部

機電工程

2、惠州工程職業(yè)學院簡介

惠州工程職業(yè)學院（英語：惠州工程職業(yè)學院）經廣東省人民政府批準，高標準、高起點建立的現代公立高等教育機構?；葜菸挥诨浉郯拇鬄硡^(qū)和珠江三角洲的中心城市。

2016 年 12 月 27 日，廣東省高校設置評估委員會召開全體會議，經過討論和投票，同意惠州市人民政府設立惠州工程職業(yè)學院。