新疆農業(yè)職業(yè)技術學院設有國際合作學院、園林科學與技術學院、生物技術學院、動物技術學院、經濟貿易學院、信息技術學院、工學院及其他學院，以下是具體名單，以供參考，可調整的，請以學校發(fā)布的最新信息為準。

1、學院設置

國際合作學院

園林科學與技術學院

生物技術學院

動物技術學院

經濟貿易學院

信息技術學院

工程學院

2、新疆農業(yè)職業(yè)技術學院簡介

新疆農業(yè)職業(yè)技術學院位于新疆昌吉市，是一所舉辦高等職業(yè)教育的公辦全日制普通高等學校，學院是國家示范性高等職業(yè)院校，是新疆“高職教育與本科教育聯(lián)合培養(yǎng)應用型本科人才”試點高校、現(xiàn)代學徒制試點單位、全國職業(yè)教育先進單位、具有典型畢業(yè)生就業(yè)經歷的全國性大學，對口支持伊犁職業(yè)技術學院建設。

新疆農業(yè)職業(yè)技術學院前身是1958年2月創(chuàng)辦的昌吉州合作干部學校，1959年9月，自治區(qū)人民委員會批準改制為新疆維吾爾自治區(qū)昌吉農業(yè)技術學校。1962年4月，更名為新疆維吾爾自治區(qū)昌吉農業(yè)學校。1988年2月，更名為新疆維吾爾自治區(qū)農業(yè)學校，2000年6月，新疆維吾爾自治區(qū)人民政府批準升格為新疆農業(yè)職業(yè)技術學院。2008年8月，新疆農業(yè)職業(yè)技術學院并入新疆維吾爾自治區(qū)農業(yè)干部學校，新疆農業(yè)職業(yè)技術學院（新疆農業(yè)技師進修學院）成立。