煙臺南山大學設有工程學院、商學院、人文學院（國學學院）、化學工程與技術學院、材料科學與工程學院、紡織科學與工程學院、健康學院、音樂學院、航空學院、馬克思主義學院等院系，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

1、工程學院

機械工程系 電氣電子工程系 計算機科學系

2、商學院

工商管理系 旅游管理系 市場營銷系 會計金融系 工程管理系 管理科學與工程系 物流管理與工程系

3、人文學院（國學學院）

中文國際教育系 環(huán)境設計系 視覺傳達設計系 數(shù)字媒體系 工藝美術系 英語系 日韓語系 體育與運動健康系

4、化學工程與技術學院

石油化工系 高分子材料系 過程裝備與控制系

5、材料科學與工程學院

材料工程系 材料加工系

6、紡織科學與工程學院

紡織部、服裝部

7、健康學院

康復系 護理系 食品科學系

8、音樂學院

音樂表演系 音樂系 舞蹈系 幼兒教育系

9、航空學院

飛行技術系 航空技術系

10、馬克思主義學院

11、應用技術與培訓學院

管理系